CT (CYCLE TRESHOLD) oder Amplifikationszyklen

Zusammenstellung von J. Gruber



Post-lockdown SARS-CoV-2 nucleic acid screening in nearly ten million residents of Wuhan, China

Nature Communications 11 (Nov. 2020)


Supplementary Table 1. Median age-stratified Ct value of the samples of asymptomatic cases


Age (years)        

    

Ct value_ ORF

Median (IQR)

Ct value_ N

Median (IQR)

6-17

34.69(4.98) = 29.7 ... 39.67

34.77(4.95)

18-44

35.63(4.67)

34.47(4.68)

45-64

34.63(5.65)

34.00(4.39)

65+

35.28(5.36)

34.85(4.05)

Notes:

IQR, interquartile range;

ORF, open reading frame;

N, nucleocapsid protein



Kekules Corona Kompass


[0:13:20]


Samstag, 20.01.2021 #150

Frage: "Der CT-Wert wird liefert einen Hinweis auf die Viruslast. Das kann, muss jedoch nichts über die Kontagiosität aussagen. Gerade ab zehn oder mehr Tagen nach Symptombeginn gibt es Hinweise, dass der CT-Wert isoliert nur noch wenig über die Kontagiosität aussagt."


Alexander Kekulé:

Das kann man nicht ganz so sagen. Der CT-Wert sagt einfach aus, wie viele Viruspartikel da drinnen waren in der Probe. Wobei diese Viruspartikel nicht unbedingt vermehrungsfähig gewesen sein müssen. Diese PCR weißt quasi auch abgestorbene Viren, also nicht mehr vermehrungsfähige Viren, nach. Weil sie weist nur das Genom nach, nur diese RNA des Virus. Trotzdem gibt es natürlich eine Korrelation. Wenn das Virus sich im Rachen nicht mehr vermehrt, dann nehmen auch diese abgestorbenen Viren deutlich ab. Das ist klar. Es wird ständig durch den Speichel und auf andere Weise da gereinigt. Die Immunzellen sind ständig unterwegs auf den Schleimhäuten und räumen alles weg, was man nicht mehr braucht. Deshalb verschwinden abgestorbene Viruspartikel nach einer Weile, wenn also nicht ständig weiter nachproduziert wird. Sodass man sagen kann, so ein CT-Wert - 25 ist ein Beispiel, wo es eindeutig so ist - da muss auf der Schleimhaut eine Virusproduktion stattfinden. Weil so viel Müll liegt nicht rum bei uns im Rachen. Das wäre nicht möglich. Klar, wenn man einen CT-Wert hat, der zwischen 28 und 30 liegt, da fängt die Diskussion an. Da kommt es auch darauf an, wie der Test gemacht wurde. Wie viel war auf dem Tupfer drauf? Wie gründlich wurde der abgenommen? Und ja, da gibt es einzelne Patienten, die haben Covid durchgemacht. Die sind längst wieder gesund und putzmunter. Und deren Quarantäne wird ständig verlängert, weil sie am Ende der Quarantäne so ungeschickt waren, einen Test zu machen. Dieser Test ist eine Möglichkeit, die Quarantäne zu verkürzen. Aber wenn man ihn gemacht hat und dann Fett positiv war in der PCR, dann sagt das Gesundheitsamt, noch mal zehn Tage oder 14 Tage. Je nachdem.


Unterm Strich ist es so, die CT-Werte korrelieren schon mit der Infektiosität. Davon gehen wir aus. Wo die Grenze ist, wissen wir nicht. Da entfachen sicher viele Diskussionen, ob das jetzt bei 28 oder bei 30 liegt oder was auch immer. Da kann ich auch nichts dazu beitragen, weil das wirklich in jedem Labor ein bisschen anders festgestellt wird.




Samstag, 09.01.2021 Hörer-Fragen SPEZIAL #136


Und bei der PCR ist es ja so, dass das Genom des Virus, das Erbgut des Virus, in einem chemischen Verfahren verdoppelt wird. Dann hat man ja vier, und wenn man das noch einmal verdoppelt, hat man acht und dann 16, 32, 64, und wenn man es zehnmal macht 1.024 und so weiter. Das heißt also, man vermehrt in sehr großer Zahl dieses Genom des Virus. Und irgendwann sagt das Nachweisverfahren, Bing, da ist ein Virus da oder auch gar nicht. Und man kann – so empfindlich ist die Methode unter experimentellen Bedingungen, jetzt nicht mit der Routinediagnostik – ein einzelnes Genom nachweisen. Das ist so unglaublich empfindlich, dass man ein einziges Virus nachweisen könnte. Das findet bei der Routinediagnostik nicht so statt.


  • Und deshalb sagt man, okay, ab wann gilt es denn als positiv? Und da ist so eine Grenze eingebaut. Wir nennen das Cutoff, also da, wo abgeschnitten wird. Meistens liegt der Cutoff für die Verfahren – das wird in jedem Labor je nach Methode separat bestimmt –, aber der liegt meistens in der Größenordnung zwischen 33 und 35 CT. Das heißt also zwei hoch 33 hätte man sozusagen vermehrt bei der ganzen Sache.
  • Das ist eine Empfindlichkeit, die dann über die Infektiösität nicht unbedingt was aussagt. Die sagt etwas darüber aus, dass das Virus da ist.
  • Die PCR ist extrem spezifisch, wie wir sagen. Die irrt sich also nicht bei dem, was sie nachweist. Wenn die positiv ist, dann ist das Virus da, oder zumindest sein Genom. Das kann auch ein totes Virus, also ein nicht vermehrungsfähiges Virus sein.
  • Aber die sagt jetzt nichts darüber aus, ob genug Viruspartikel da sind, um effizient eine Ansteckung zu machen. Und da sagen wir seit einiger Zeit den diagnostischen Laboren, ab einem Wert von 30 ungefähr – das ist weitgehend anerkannt – gilt der Patient nicht mehr als infektiös.
  • Ich habe das auch schon gesehen, dass Gesundheitsämter dann gesagt haben CT war über 30. Ja, das ist jemand, der offensichtlich die Infektion durchgemacht hat und noch so ein paar Viren oder Virusgenome übrig hat im Speichel. Aber der gilt uns jetzt nicht mehr als infektiös. Der darf sich wieder ganz normal verhalten. – Da unterscheiden sich übrigens die Gesundheitsämter. Es gibt auch andere, die sagen, nein, wenn irgendetwas nachweisbar ist in der PCR, muss derjenige in Quarantäne bzw. in die Isolierung definitionsgemäß. Und das ist eine kleine Schwierigkeit. Und die sogenannten Corona-Kritiker haben das aufgespießt. Die sagen – und an der Stelle ist das Argument nicht ganz falsch - Wenn einer ein CT von 30 hat, wieso muss er jetzt in Isolation für zehn Tage?

Und es gibt ja skurrile Fälle. Da gibt es Menschen, die sind so neugierig, dass die nach zehn Tagen, wenn sie von der Isolierungsanordnung vom Gesundheitsamt bekommen haben, dann sagen sie nicht, okay, der Spuk ist vorbei, ich gehe wieder raus zum Einkaufen. Nein, dann lassen sie noch einmal einen Test machen, oder der Arzt war neugierig und macht noch mal ein Test. Und dann sieht man, ups, die PCR ist immer noch positiv. Da können Sie noch einmal zehn Tage Quarantäne machen. Und sie kriegen auch von einigen Gesundheitsämtern dann die Quarantäneanordnung. Und Sie werden es nicht glauben: Es gibt Fälle, wo dann Leute nach sechs und acht Wochen völlig verzweifelt sind, weil sie irgendwie noch Spuren von Virusgenomen im Speichel haben. Das geht bei denen halt dann einfach nicht so schnell weg wie bei anderen. Und da gibt es sture Gesundheitsämter in Deutschland, die sagen, okay, Quarantäne, noch mal zehn Tage, noch mal zehn Tage. Das ist Futter für die Corona-Kritiker. Und deshalb sind die Virologen, die sich mit dem Thema intensiver beschäftigen, sich einig, dass man irgendwo bei 30, manche sagen sogar schon bei 29, 28 sagen muss, das ist jemand, der hat wohl Covid19 durchgemacht. Der gilt aber für uns nicht mehr als infektiös.


[0:12:54]:

Camillo Schumann:

Dann verstehe ich nicht, warum man das nicht bundesweit einheitlich gemacht hat, bspw. 30 und fertig für alle Gesundheitsämter. Warum es solche individuellen Lösungen gibt, das kann ich als Außenstehender nicht nachvollziehen.


[0:13:10]:

Alexander Kekulé:

Es gibt

  • verschiedene Verfahren, mit denen man das nachweist,
  • verschiedene Maschinen,
  • verschiedene Hersteller.

Und bei jedem ist der CT-Wert etwas anders. Und wenn man es ganz genau nimmt, ist es sogar so, dass jedes Labor für sich das auch noch einmal austariert, damit der Cutoff sauber ist, wo man sagt, okay, da ist es bei uns positiv, da ist es negativ.


Und dann gibt es da noch einen Bereich dazwischen. Den nennen wir eben nicht genau feststellbar.

  • Jetzt gibt es Labore, die sagen, bei nicht feststellbar bitte noch mal eine Probe einschicken. Das finde ich eigentlich das Vernünftigste.
  • Es gibt aber andere Labore, die schreiben dann auf dem Befund drauf, schwach positiv, wenn es grenzwertig ist. Was soll jetzt jemanden im Gesundheitsamt, so ein armer Amtsarzt, mit der Info machen: schwach, positiv?
  • Und Sie haben völlig recht, da wäre eigentlich die Gesellschaft für Virologie gefragt, das ist unsere Fachgesellschaft, die sich auch um solche diagnostischen Standardisierungen kümmert, eine Empfehlung abzugeben, ab welchem CT, bei welchem Gerät und bei welchem Hersteller man noch von einer Infektiösität ausgehen kann.
  • Aber wir kennen die öffentliche Diskussion zwischen den Fachleuten. Die sind unterschiedlicher Meinung. Bis jetzt habe ich noch nicht festgestellt, dass irgendjemand so mutig war und gesagt hat, okay, CT gleich 28, darüber ist Schluss. Und darunter gilt der Patient nicht mehr als infektiös? Da hat dann jeder ein bisschen Angst. Dass er zur Verantwortung gezogen wird, wenn es doch mal eine Ansteckung gab.

[0:14:38]:

Camillo Schumann:

Aber nichtsdestotrotz: von Anfang an war ja klar, dass ein positiver PCR-Test sogar als Fall definiert wurde laut WHO und Robert-Koch- Institut. Da geht man ja sogar noch einen Schritt weiter. Da ist man ja förmlich schon krank in Anführungszeichen, obwohl man das ja überhaupt nicht ist.

4


[0:14:55]:

Alexander Kekulé:

Jetzt sprechen sie etwas an, was beim Epidemiologen zu einem Zwei-Stunden-Vortrag führen könnte.


Sie haben völlig recht:

  • Die Falldefinition erfolgt in Ermangelung anderer sauberer Kriterien.
  • Sie wissen, klinisch sieht es aus wie eine Influenza.
  • Was soll man machen? Man kann ja nicht sagen: Fieber plus Husten plus Kopfschmerz ist gleich Covid.
  • Deshalb gibt die Falldefinition über die PCR, man hat einfach nichts Besseres. Und dadurch kommt eben dieser PCR extrem viel Gewicht zu.
    • Wobei man aber sagen muss: Mit der Falldefinition habe ich nicht so viele Probleme, denn da ist jeder, der positiv ist, in der PCR. Der hat ja Kontakt mit dem Virus gehabt. Anders kann das nicht sein.
    • Und da ist es sozusagen für die medizinische Diagnostik und Therapie, wie man weiter vorgeht, schon gut, das über die PCR zu machen.

Die Chinesen haben am Anfang, weil sie nicht genug Tests hatten, klinische Kriterien zu Rate gezogen, oder auch geröntgt. Das war also wesentlich schwächer. Und selbst die Falldefinition, die mancher jetzt anbieten, sogar Hunde zu verwenden für die Diagnostik, ist viel schwächer als die PCR.


Aber man muss eben sauber unterscheiden – und da liegt der Hase im Pfeffer –

  • zwischen den Fragen, die die Ärzte haben, die jemanden therapieren wollen – da ist die PCR richtig –
  • und den Epidemiologen, die eigentlich nur für die Gesamtbevölkerung diese Infektion eindämmen wollen.

Und da wäre es schon sinnvoll, wenn man sich einigen würde auf einen CT-Wert, wo man nicht mehr als infektiös .




Amplifikationszyklen CT

Samstag, 28. November 2020 #126 SPEZIAL: Hörerfragen Spezial


Alexander Kekulé

Man kann bei sowas natürlich schon ein bisschen Kaffeesatz lesen machen. Aber dazu müsste ich jetzt ganz genau wissen, an welchem Datum was gewesen ist und wie der Kontakt untereinander war. Weil die CT-Werte, die steigen ja an. Also wenn ich jetzt ... Rein theoretisch ... Der Idealfall ist: Ich werde infiziert und am Tag fünf, das ist sozusagen der typische Tag dafür, bekomme ich Symptome. Merke irgendetwas. Kratzen im Hals oder so was. Und dann ist man typischerweise an diesem ersten Tag und vielleicht noch einen halben Tag vorher am stärksten ansteckend. Das ist ja das Gemeine hier, dass das Maximum der Ansteckungsfähigkeit, Also auch der kleinste CT-Wert heißt dann die höchste Viruskonzentration im Hals. Das hat man ganz am Beginn und vielleicht noch kurz vor Beginn der Symptome. Und wenn man das bei der ganzen Familie hat, vielleicht über verschiedene Tage. Dann kann man das schon übereinander legen und überlegen, wer wahrscheinlich der erste war. So ganz perfekt ist es natürlich nicht vergleichbar. Aber man kann so eine Daumenpeilung machen. Aber ohne Datum und ohne genau zu wissen, wer mit wem Kontakt hatte, ist es von hier aus nicht möglich.


Camillo Schumann

Vielleicht noch ein, zwei Worte zum CT-Wert. Wer das so noch nie gehört hat.


Alexander Kekulé

  • Ja, also, das ist so. Das geht hier um diese PCR, dass ist diese im Labor durchgeführte Unter- suchung. Nicht der Schnelltest, den man theoretisch selber machen könnte. Und bei dieser PCR wird die genetische Information des Virus. Das ist ein kleines Stück RNA, wie wir sagen. Die wird kopiert. Und zwar in so einem Verfahren, wo man immer das vorhandene verdoppelt. Das heißt, man kopiert erst einmal das Genom, dann hat man zwei, und dann macht man es noch mal. Und dann hat man vier und acht und 16 und so weiter. Wenn man es zehnmal gemacht hat, hat man 1024 und usw. Und so wird es quasi in einer zwei hoch X- Funktion hochgerechnet. Und je öfter man verdoppeln muss, bis man dann bei dem Nachweis feststellt, ob da ein Virus drinnen ist.
  • Diese Verdopplungszahl heißt CT-Wert (CT Amplifikationszyklen). Und das heißt, wenn ich öfters kopieren musste, öfters verdoppeln musste, dann war die Konzentration am Anfang natürlich geringer.
  • Und deshalb ist ein hoher Wert ein Beleg dafür, dass sehr niedrig die Konzentration am Anfang war.
  • Und es gibt ja nicht nur Kritiker, sondern auch vernünftige Menschen, die sagen:
    • Soll man einen superhohen CT-Wert ... das wäre dann so im Bereich von 35-40 oder so, soll man das überhaupt noch als positiv zählen? Weil der hat dann Kontakt mit dem Virus gehabt. Aber ansteckend ist so jemand wahrscheinlich nicht mehr. Das ist diese große Diskussion.
    • Aber bei jedem Individuum ist es so am Anfang. So am Tag fünf ungefähr geht die Viruskonzentration hoch, das heißt der CT- Wert runter. Und da kann man natürlich schon, wenn man den Verlauf hat, abschätzen, wer wen angesteckt hat. Ohne dass das jetzt gerichtsfest wäre. Aber so als Hinweis geht das schon.

[0:06:47]

Camillo Schumann

Zumindest ist das ein Indiz. Und jeder, der sein Testergebnis hat, kann einmal auf diesen Wert schauen und dann selber für sich einschätzen, wie gefährlich in Anführungszeichen die Aussagekraft dieses Tests wirklich ist?

[0:06:59]


Alexander Kekulé

Ich glaube schon, dass man das bisschen nachvollziehen kann. Weil das wissen übrigens die Gesundheitsbehörden auch nicht. Genau das ist so, was vielleicht eine ganz interessante Umfrage wäre, die man starten könnte. Weil die Menschen wissen zum Teil ganz genau, wo sie sich infiziert haben. Die haben oft eine ganz konkrete Vorstellung. Ich treffe natürlich sehr oft Menschen, die die Krankheit durchgemacht haben oder gerade durchmachen. Und ich frage immer: „Wo haben Sie sich angesteckt?“ Weil mich das einfach interessiert, ob man das weiß. Und die meisten sagen: „Entweder da oder da.“ Die haben relativ konkrete Vorstel- lungen, wo es wohl gewesen sein sollte. Und wenn man das natürlich jetzt rein theoretisch mit dem CT-Wert irgendwie korrelieren kön- nte. Also der Einzelfall, sagt gar nichts. Aber wenn Sie tausend Werte hätten,

  • dann könnte man natürlich schon abschätzen und diese Frage beantworten, ab welchem CT-Wert ist man überhaupt noch wirklich infektiös? Und ab wann sollte man vielleicht von der Isolation her sagen: „Okay, den können wir dann rauslassen, weil der ist zwar noch positiv, aber nicht mehr gefährlich.“


Camillo Schumann

Gibt es denn so ein System hat, wo man eindeutig sagen kann, ab diesem Wert ist man infektiös?


Alexander Kekulé

  • Ja, ich würde mal sagen, wenn einer so etwas wie 25 hat, dann ist er eindeutig gefährlich. Dann dürfen Sie einen Schritt zurücktreten von den Patienten. Natürlich dauert es normalerweise einen Tag oder zwei bis man das Ergebnis hat. Aber 25 würde ich sagen, ist so ein Bereich, wo es ganz klar rot leuchtet.
  • Und 40 ist ein Bereich, wo viele Fachleute sagen: „Ja klar, das Virus ist da, die PCR sicher nicht.“ Es ist schon eine Diagnostik.
    • Das Virus ist vorhanden, aber der Patient ist im dem Moment wahrscheinlich nicht mehr - zumindest in dieser Minute, wo ich abgenommen habe- wahrscheinlich kein Ausscheider mehr gewesen.
    • Allerdings mit folgender Einschränkung, wenn ich bei der Abnahme einen Fehler gemacht habe, also auf meinem Tupfer irgendwie zu wenig Material - wie der Mikrobiologe sagt - hatte, also zu wenig Schleim hatte. Dann kann ich natürlich auch einen falschen, einen zu hohen CT-Wert bekommen und dann jemanden als scheinbar nicht mehr infektiös beurteilen, der vielleicht doch noch Virus im Hals hatte.




Version: 12.4.2021

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